แม้จะมีขนาดมหึมา แต่ วาฬสีน้ำเงิน ก็ต้องพบเจอกับภัยคุกคามร้ายแรงจากมนุษย์ เช่น การล่าวาฬและความเสื่อมโทรมของแหล่งที่อยู่อาศัย พวกเขาถูกล่าอย่างไร้ความปราณี เพื่อเอาเนื้อและกระดูก จึงทำให้จำนวนประชากรลดลงอย่างรวดเร็ว โชคดีที่ปัจจุบันพวกมันได้รับการคุ้มครองภายใต้กฎหมายระหว่างประเทศ และความพยายามในการอนุรักษ์ได้ช่วยให้ประชากรบางส่วนฟื้นตัววาฬสีน้ำเงินมีบทบาทสำคัญในระบบนิเวศทางทะเล พวกมันช่วยควบคุมประชากรคริลล์ซึ่งเป็นสัตว์จำพวกครัสเตเชียนขนาดเล็กในฐานะตัวกรองอาหาร สิ่งนี้ส่งผลกระทบต่อเครือข่ายอาหารทะเลทั้งหมด สารอาหารที่ปล่อยออกมาทางอุจจาระยังมีส่วนช่วยในวงจรสารอาหารของมหาสมุทรอีกด้วย